Schlagwort: ATAC-seq

Die Vermessung des Gehirns

Das Ziel der systematischen Erforschung von DNA-Methylierungsmustern auf Einzelzell-Ebene: Wie „BarCodes“ sollen zukünftige „scMCodes“ helfen, Zellen rasch zu identifizieren und einem Zelltyp zuzuordnen. Das Bild zeigt einen anatomischen Gehirnquerschnitt, eine Abstraktion des Gehirns mit Regionen, die als farbige Kreise (blau, rot, grün und gelb) dargestellt sind, und einen Barcode zur Darstellung der von den Wissenschaftlern verwendeten Technik. (Bildrechte: Salk Institute)

Wei Tian et al.: Single-cell DNA methylation and 3D genome architecture in the human brain. Science 382, 13.10.2023, doi: 10.1126/science.adf5357. Yang Eric Li et al.: A comparative atlas of single-cell chromatin accessibility in the human brain. Science 382, 13.10.2023, doi: 10.1126/science.adf7044. Alyssa Weninger & Paola Arlotta: A family portrait of human brain cells. Science 282,… Die Vermessung des Gehirns weiterlesen

Chromatinmuster bei koronarer Herzkrankheit

Adam W. Turner et al.: Single-nucleus chromatin accessibility profiling highlights regulatory mechanisms of coronary artery disease risk. Nature Genetics 54, 19.05.2022, S. 804-816. Das komplexe Geschehen multifaktorieller Leiden lässt sich mit modernen molekularbiologischen Methoden immer besser erfassen. Dazu gehört auch die Analyse des Chromatinmusters (Gemisch aus Protein und DNA), mit dem das Erbgut die Zugänglichkeit… Chromatinmuster bei koronarer Herzkrankheit weiterlesen

Einzelzell-Epigenomik: Wie die Großhirnrinde sich entwickelt

Systembiologische Analyse eines sich entwickelnden Gehirns sowie der zugehörigen Zelltypen und ihrer Vorläufer mit Hilfe der UMAP-Methode. (Bildrechte: Trevino et. al. Cell 2021)

Alexandro E. Trevino et al: Chromatin and gene-regulatory dynamics of the developing human cerebral cortex at single-cell resolution. Cell 184, 16.09.2021, S. 1-17. Ein Forscherteam aus Stanford, USA, an dem auch der Bioinformatiker Fabian Müller von der Universität des Saarlandes beteiligt war, hat eine bemerkenswerte systembiologische Analyse der biologischen Entwicklung der menschlichen Großhirnrinde vorgelegt. Das… Einzelzell-Epigenomik: Wie die Großhirnrinde sich entwickelt weiterlesen

Offenes Chromatin lesen

Karl J.V. Nordström et al.: Unique and assay specific features of NOMe-, ATAC- and DNase I-seq data. Nucleic Acids Research 47, 18.11.2019, S. 10580-10596. Es wird in der Epigenetik immer wichtiger, sich rasch einen guten Überblick darüber zu verschaffen, wo im Chromatin genannten DNA-Protein-Gemisch einer Zelle zu einem bestimmten Zeitpunkt besonders zugängliche Stellen sind. An… Offenes Chromatin lesen weiterlesen

Epigenetische Regulation hilft bei konvergenter Evolution

Helmkasuar. Bildrechte: Luke Seitz.

Timothy B. Sackton et al.: Convergent regulatory evolution and loss of flight in paleognathous birds. Science 364, 05.04.2019, S. 74-78. Evolutionsbiologen sind immer wieder fasziniert von der Existenz so genannter konvergenter Entwicklungen. Das Auge wurde ebenso mehrfach im Tierreich entwickelt wie das Fliegen oder die zu Grabwerkzeugen umfunktionierten Vorderbeine bei Maulwürfen und Maulwurfsgrillen. Ein spannendes… Epigenetische Regulation hilft bei konvergenter Evolution weiterlesen

Lesen im Chromatin der Krebszelle

M. Ryan Corces et al.: The chromatin accessibility landscape of primary human cancers. Science 362, 26.10.2018, eaav1898. Jussi Taipale: The chromatin of cancer. Science 362, 26.10.2018, S. 401-402. Stanford Video: youtu.be/uoc7qOrrhrQ Genetiker haben das Genom von Krebszellen in den letzten Jahren sehr gut erforscht und viele neue Erkenntnisse gewonnen. Es ging dabei um Mutationen, die… Lesen im Chromatin der Krebszelle weiterlesen