KI reinigt epigenomische Daten

Wie ein Staubsauger, der Bakterien aus einer Gewebeprobe entfernt, bevor sie untersucht wird, reinigt die neue KI-Methode die gemessenen Daten im Nachhinein. (Bildrechte: Yimeng Kong. Design: Yimeng Kong and Gang Fang)

Yimeng Kong et al.: Critical assessment of DNA adenine methylation in eukaryotes using quantitative deconvolution. Science 375, 04.02.2022, S. 515-522. Anders als bei höher entwickelten Organismen mit Zellkern bedeutet eine DNA-Methylierung bei Bakterien meist, dass die Base Adenin eine Methylgruppe erhält, nicht das Cytosin. Seit einigen Jahren gibt es aber Hinweise, dass diese Adenin-Methylierung auch… KI reinigt epigenomische Daten weiterlesen

Schweres Asthma entsteht manchmal schon im Mutterleib

Kevin M Magnaye et al.: DNA methylation signatures in airway cells from adult children of asthmatic mothers reflect subtypes of severe asthma. PNAS 119, 14.06.2022, e2116467119. Hat die Mutter Asthma, steigt das Risiko der Kinder, das gleiche Leiden zu bekommen. Das hat aber nicht nur mit Genetik zu tun, sondern vermutlich auch mit Umwelteinflüssen aus… Schweres Asthma entsteht manchmal schon im Mutterleib weiterlesen

Epigenetischer Urintest auf Blasenkrebs

Anouk E. Hentschel et al.: Bladder Cancer detection in urine using DNA methylation markers: a technical and prospective preclinical validation. Clinical Epigenetics 14, 05.02.2022, doi: 10.1186/s13148-022-01240-8. Schon seit Jahren experimentieren Onkolog*innen mit epigenetischen Tests, die Blut- oder Urinproben nach Anzeichen auf eine Krebserkrankung durchforsten. Ihr Vorteil ist, dass sie keinen medizinischen Eingriff erfordern. Ihr Nachteil… Epigenetischer Urintest auf Blasenkrebs weiterlesen

Warum Brustkrebs-Therapie manchmal nicht wirkt

Francesca Menghi et al.: Genomic and epigenomic BRCA alterations predict adaptive resistance and response to platinum-based therapy in patients with triple-negative breast and ovarian carcinomas. Science Translational Medicine 14, 06.07.2022, eabn1926. Triple-negativer Brustkrebs heißt so, weil ihm gleich mehrere wichtige Tumormarker fehlen, die Tests darauf also negativ ausfallen. Etwa jeder sechste Brust- und manche Eierstockkrebse… Warum Brustkrebs-Therapie manchmal nicht wirkt weiterlesen

Tuberkulose-Impfung trainiert unspezifisches Immunsystem

Samantha Bannister et al.: Neonatal BCG vaccination is associated with a long-term DNA methylation signature in circulating monocytes. Science Advances 8, 05.08.2022, eabn4002. Neben dem spezifischen, exakt gegen einen Erregertyp gerichteten Immunsystem haben wir auch ein unspezifisches Immunsystem. Ist es gut trainiert, sind wir gegen mehrere Arten von Infektionen gleichzeitig ein Stück weit besser geschützt.… Tuberkulose-Impfung trainiert unspezifisches Immunsystem weiterlesen

Kaffee schlägt Tee

Irma Karabegović et al.: Epigenome-wide association meta-analysis of DNA methylation with coffee and tea consumption. Nature Communications 12, 14.05.2021, 2830. Oft wird behauptet, der Konsum von Kaffee oder Tee schütze vor manchen Krankheiten. Ein internationales Team wertete nun mit einer Meta-Analyse Daten zur DNA-Methylierung von 15.789 Menschen aus und spürte nach systematischen Auffälligkeiten bei Tee-… Kaffee schlägt Tee weiterlesen

Schizophrenie im Blut erkennen

Chathura J. Gunasekara et al.: A machine learning case-control classifier for schizophrenia based on DNA methylation in blood. Translational Psychiatry 11, 03.08.2021, 412. Schizophrenie ist ein komplexes psychisches Leiden, dessen Ursachen noch immer weitgehend unbekannt sind. Es gibt Hinweise, dass genetische Variationen und Umweltfaktoren das Risiko gemeinsam beeinflussen. Da liegt es nahe, im Epigenom Betroffener… Schizophrenie im Blut erkennen weiterlesen

Neue spezifische Demethylierung hilft gegen AML

Melissa B. Pappalardi et al.: Discovery of a first-in-class reversible DNMT1-selective inhibitor with improved tolerability and efficacy in acute myeloid leukemia. Nature Cancer, 27.09.2021, doi: 10.1038/s43018-021-00249-x. Die meisten Krebszellen zeigen nicht nur zahlreiche genetische Mutationen sondern auch eine Menge epigenetischer Veränderungen, allen voran eine zu starke oder zu geringe Methylierung der DNA an bestimmten Stellen.… Neue spezifische Demethylierung hilft gegen AML weiterlesen

Akute lymphatische Leukämie besser verstehen – und behandeln

Aurore Touzart et al.: Epigenetic analysis of patients with T-ALL identifies poor outcomes and a hypomethylating agent-responsive subgroup. Science Translational Medicine 13, 26.05.2021, eabc4834. Ein deutsch-französisches Team unter Beteiligung des Deutschen Krebsforschungszentrums, DKFZ, in Heidelberg, darunter der Mitherausgeber dieses Newsletters Christoph Plass, hat sich die systematische epigenetische Analyse der akuten lymphatischen Leukämie (ALL) vorgenommen und… Akute lymphatische Leukämie besser verstehen – und behandeln weiterlesen

Malignes Melanom: DNA-Methylierung hilft bei Prognose

Katharina Filipski et al.: DNA methylation-based prediction of response to immune checkpoint inhibition in metastatic melanoma. Journal for immunotherapy of cancer 9, 07/21, e002226. Nicht nur der Medizin-Nobelpreis des Jahres 2018 unterstreicht, wie wichtig die Fortschritte durch so genannte Checkpoint-Inhibitoren für die Onkologie sind. Gerade die Behandlung des malignen Melanoms – schwarzer Hautkrebs genannt –… Malignes Melanom: DNA-Methylierung hilft bei Prognose weiterlesen