Christoph Bock, Professor und Principal Investigator am CeMM Forschungszentrum für molekulare Medizin in Wien hat sich schon vor mehr als einem Jahrzehnt im Rahmen seiner Doktorarbeit am Max-Planck-Institut für Informatik in Saarbrücken auf die computergestützte Analyse der epigenetischen Strukturen einzelner Zellen und Zelltypen, Epigenomik genannt, konzentriert. Er gehörte also zu den ersten Bioinformatikern mit Schwerpunkt

[weiterlesen …]

ihec-epigenomes.org/news-events/coordinated-paper-release www.cell.com/consortium/IHEC www.deutsches-epigenom-programm.de/de/news/deep-publikationen-sind-teil-umfangreicher-sammelveroeffentlichung-durch-ihec Regelmäßigen Lesern dieses Newsletters wird das Internationale Humane Epigenomkonsortium IHEC bekannt sein. Es wurde Anfang 2010 gegründet (siehe Newsletter Epigenetik 01/2010) und hatte das ehrgeizige Ziel, über mehrere Jahre hinweg mindestens 1.000 Referenz-Epigenome der verschiedensten menschlichen Zelltypen zu analysieren und in Form so genannter Epigenom-Karten frei verfügbar ins Internet zu stellen. Die

[weiterlesen …]

Christoph Bock et al.: Quantitative comparison of DNA methylation assays for biomarker development and clinical applications. Nature Biotechnology 27.06.2016, Online-Vorabpublikation. Emanuele Libertini et al.: Information recovery from low coverage whole-genome bisulfite sequencing. Nature Communications, 27.06.2016, 7:11306. Die großen internationalen Forschungskonsortien zur systematischen Analyse der epigenetischen Markierungen bestimmter Zelltypen liefern inzwischen eine Reihe wichtiger Daten. Immer

[weiterlesen …]

www.blueprint-epigenome.eu/index.cfm? p=3D6C68FA-3048-9110-625D850E3E055A84 Im September treffen sich in Brüssel die Mitglieder der großen Epigenomik-Konsortien, um ihre Daten und Erfahrungen mit den neuesten systematischen Epigenom-Analysen auszutauschen.  Das Europäische Konsortium BLUEPRINT ist dabei Gastgeber des Internationalen Humanen Epigenom Konsortiums IHEC.

http://www.blueprint-epigenome.eu Das europäische Epigenomik-Konsortium BLUEPRINT analysiert seit 2011 mit 30 Millionen Euro Fördermitteln der Europäischen Union (EU) systematisch die Epigenome von Blut- und Immunzellen.  Ziel war die Analyse sämtlicher epigenetischer Schalter von je 50 Blutzelltypen von Gesunden und Leukämiepatienten sowie acht von Diabetikern. BLUEPRINT war zu seiner Zeit eines der teuersten EU-Einzelprojekte überhaupt. Henk Stunnenberg

[weiterlesen …]

Helene Kretzmer et al.: DNA methylome analysis in Burkitt and follicular lymphomas identifies differentially methylated regions linked to somatic mutation and transcriptional control. Nature Genetics 47, 11/2015, S. 1316-1325. Das europäische Epigenomik-Konsortium BLUEPRINT und das Internationale Krebsgenom-Konsortium ICGC untersuchen gemeinsam systematisch die Epigenome von Zellen des Blut- und Immunsystems. Nun kamen sie erstmals dem Ursprung

[weiterlesen …]

Roadmap Epigenomics Consortium: Integrative analysis of 111 reference human epigenomes. Nature 518, 19.02.2015, S. 317-330. Casey E. Romanoski et al.: Forum Epigenomics: Roadmap for regulation (News & Views). Nature 518, 19.02.2015, S. 314-316. Am 30. September 2008 startete die US-amerikanische Gesundheitsbehörde NIH (National Institutes of Health) das NIH Roadmap Epigenomics Mapping Consortium, kurz Epigenome Roadmap

[weiterlesen …]

Sadia Saeed et al.: Epigenetic programming of monocyte-to-macrophage differentiation and trained innate immunity. Science 345, 26.09.2014, 1251086. Shih-Chin Cheng et al.: mTOR- and HIF-1α-mediated aerobic glycolysis as metabolic basis for trained immunity. Science 345, 26.09.2014, 1250684. Lu Chen et al.: Transcriptional diversity during lineage commitment of human blood progenitors. Science 345, 26.09.2014, 1251033. Elizabeth Pennisi:

[weiterlesen …]

www.prweb.com Diagenode, eine auf Epigenetik spezialisierte US-amerikanisch-belgische Firma, entwickelte für das öffentliche europäische Epigenomik-Konsortium Blueprint spezielle Antikörper, mit deren Hilfe man die Chromatinveränderungen und das DNA-Methylierungsmuster von Zellen angeblich besonders exakt ermitteln kann. Jetzt werden diese Antikörper in der neuen Linie „Premium“ auch frei an Laboratorien in aller Welt verkauft.

Ende der neunziger Jahre, als bereits gut ein Drittel des menschlichen Erbgutes entschlüsselt waren, riefen prominente Epigenetiker wie Stephan Beck und Jörn Walter dazu auf, über die einfache DNA-Sequenz hinaus zu schauen. Das Human Epigenome Consortium (HEC) wurde als erstes vieler weiterer Projekte zur Entschlüsselung des Epigenoms gegründet. Doch erst mit der Einführung neuer Techniken

[weiterlesen …]