Christina Laufer et al.: Mapping genetic interactions in human cancer cells with RNAi and multiparametric phenotyping. Nature Methods 10, 05/2013, S. 427-431.
Bei Krebs liegt die Entscheidung, wie aggressiv er ist, oft weniger in der Veränderung einzelner Gene sondern viel mehr im Genregulationsmuster – ein Produkt zahlloser Wechselwirkungen zwischen Genen. Selbstverständlich spielen gerade die Gene für epigenetische Enzyme hier eine wichtige Rolle, beeinflusst ihre Aktivität doch oft direkt die Ablesbarkeit vieler anderer Gene zugleich.
Forscher aus Heidelberg stellten nun eine neue Methode vor, mit der sie das Beziehungsgeflecht von 323 epigenetisch aktiven Genen in Darmkrebszellen entschlüsseln konnten. Sie schalteten per RNA-Intereferenz Stück für Stück jeweils eines der Gene oder eine Genkombination aus – insgesamt probierten sie 50.000 Varianten – und färbten anschließend verschiedene Zellstrukturen an. Das Resultat wurde fotografiert und mit einer speziellen Software automatisch ausgewertet. Mit Hilfe der insgesamt 600.000 Bilder ließ sich das Zusammenspiel der epigenetischen Regulatoren im Krebs tatsächlich rekonstruieren.
Der Vergleich mit gesunden Zellen dürfte nun wichtige neue Aufschlüsse über die Entstehung und Biologie von Tumorzellen liefern. Verstehe man die Unterschiede zwischen Krebszelle und gesunder Zelle besser, „kann es gelingen, gezielt in einen Prozess einzugreifen und damit bessere Medikamente in wirksameren Kombinationen gegen Krebserkrankungen zu entwickeln“, hofft Co-Autor Michael Boutros vom Deutschen Krebsforschungszentrum (DKFZ) in Heidelberg.