www.diagenode.com/news/high-sensitivity-dna-amplification-method-for-sequencing Die Firma Diagenode, ehemaliger Unterstützer dieses Newsletters, ist ein führender Hersteller von Laborbedarf für die Aufarbeitung und Analyse epigenetischer Proben. Nun gab die Firma eine Zusammenarbeit mit dem Heidelberger Universitätsklinikum und dem Deutschen Krebsforschungszentrum ebenfalls in Heidelberg bekannt. Gemeinsam möchte man so genannte CATS weiterentwickeln. Das sind spezielle Verfahren, mit deren Hilfe man auch

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Christoph Bock, Professor und Principal Investigator am CeMM Forschungszentrum für molekulare Medizin in Wien hat sich schon vor mehr als einem Jahrzehnt im Rahmen seiner Doktorarbeit am Max-Planck-Institut für Informatik in Saarbrücken auf die computergestützte Analyse der epigenetischen Strukturen einzelner Zellen und Zelltypen, Epigenomik genannt, konzentriert. Er gehörte also zu den ersten Bioinformatikern mit Schwerpunkt

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Paul Datlinger et al.: Pooled CRISPR screening with single-cell transcriptome readout. Nature Methods 14, 03/2017, S. 297 – 301. Der Bioinformatiker Christoph Bock hat das Feld der systematischen Analyse epigenetischer Mechanismen der Genregulation von Zellen schon öfters um wichtige neue Methoden bereichert (siehe auch den Eintrag in der Rubrik Personalien). Nun stellte er mit seinem

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ihec-epigenomes.org/news-events/coordinated-paper-release www.cell.com/consortium/IHEC www.deutsches-epigenom-programm.de/de/news/deep-publikationen-sind-teil-umfangreicher-sammelveroeffentlichung-durch-ihec Regelmäßigen Lesern dieses Newsletters wird das Internationale Humane Epigenomkonsortium IHEC bekannt sein. Es wurde Anfang 2010 gegründet (siehe Newsletter Epigenetik 01/2010) und hatte das ehrgeizige Ziel, über mehrere Jahre hinweg mindestens 1.000 Referenz-Epigenome der verschiedensten menschlichen Zelltypen zu analysieren und in Form so genannter Epigenom-Karten frei verfügbar ins Internet zu stellen. Die

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Christoph Bock et al.: Quantitative comparison of DNA methylation assays for biomarker development and clinical applications. Nature Biotechnology 27.06.2016, Online-Vorabpublikation. Emanuele Libertini et al.: Information recovery from low coverage whole-genome bisulfite sequencing. Nature Communications, 27.06.2016, 7:11306. Die großen internationalen Forschungskonsortien zur systematischen Analyse der epigenetischen Markierungen bestimmter Zelltypen liefern inzwischen eine Reihe wichtiger Daten. Immer

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www.blueprint-epigenome.eu/index.cfm? p=3D6C68FA-3048-9110-625D850E3E055A84 Im September treffen sich in Brüssel die Mitglieder der großen Epigenomik-Konsortien, um ihre Daten und Erfahrungen mit den neuesten systematischen Epigenom-Analysen auszutauschen.  Das Europäische Konsortium BLUEPRINT ist dabei Gastgeber des Internationalen Humanen Epigenom Konsortiums IHEC.

http://www.blueprint-epigenome.eu Das europäische Epigenomik-Konsortium BLUEPRINT analysiert seit 2011 mit 30 Millionen Euro Fördermitteln der Europäischen Union (EU) systematisch die Epigenome von Blut- und Immunzellen.  Ziel war die Analyse sämtlicher epigenetischer Schalter von je 50 Blutzelltypen von Gesunden und Leukämiepatienten sowie acht von Diabetikern. BLUEPRINT war zu seiner Zeit eines der teuersten EU-Einzelprojekte überhaupt. Henk Stunnenberg

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goe.irb.hr Zum Abschluss des EU-Forschungsprojekts InnoMol findet erstmals eine große Epigenomik-Konferenz in Dubrovnik, Kroatien, statt. Unter dem Motto Game of Epigenomics soll die Vielfalt des Gebiets der Epigenomik gefeiert werden, wobei sowohl Modifikationen der DNA als auch von Proteinen im Fokus stehen werden. Die Tagung unter der Führung von Oliver Vugrek vom Ruđer Bošković Institute

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Helene Kretzmer et al.: DNA methylome analysis in Burkitt and follicular lymphomas identifies differentially methylated regions linked to somatic mutation and transcriptional control. Nature Genetics 47, 11/2015, S. 1316-1325. Das europäische Epigenomik-Konsortium BLUEPRINT und das Internationale Krebsgenom-Konsortium ICGC untersuchen gemeinsam systematisch die Epigenome von Zellen des Blut- und Immunsystems. Nun kamen sie erstmals dem Ursprung

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Kaifu Chen et al.: Broad H3K4me3 is associated with increased transcription elongation and enhancer activity at tumor-suppressor genes. Nature Genetics, 24.08.2015, Online-Vorabpublikation. Tumorsuppressor-Gene schützen Zellen vor der gefährlichen Verwandlung in bösartige Tumorzellen. In Krebszellen sind sie deshalb häufig epigenetisch abgeschaltet. Das hat unter Umständen bereits zur Entstehung der Krankheit beigetragen, ist mitunter aber auch nur

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