Einzelzell-Epigenomik: Wie die Großhirnrinde sich entwickelt

Systembiologische Analyse eines sich entwickelnden Gehirns sowie der zugehörigen Zelltypen und ihrer Vorläufer mit Hilfe der UMAP-Methode. (Bildrechte: Trevino et. al. Cell 2021)

Alexandro E. Trevino et al: Chromatin and gene-regulatory dynamics of the developing human cerebral cortex at single-cell resolution. Cell 184, 16.09.2021, S. 1-17. Ein Forscherteam aus Stanford, USA, an dem auch der Bioinformatiker Fabian Müller von der Universität des Saarlandes beteiligt war, hat eine bemerkenswerte systembiologische Analyse der biologischen Entwicklung der menschlichen Großhirnrinde vorgelegt. Das… Einzelzell-Epigenomik: Wie die Großhirnrinde sich entwickelt weiterlesen

Epigenetische Analyse verbessert Prognose bei Pankreaskrebs

Paloma Cejas et al.: Enhancer Signatures stratify and predict outcomes of non-functional pancreatic neuroendocrine tumors. Nature Medicine 25, 01.07.2019, S. 1260-1265. In der Meldung „Methylierung von Mikro-RNA als Krebs-Früherkennung“ geht es um die Früherkennung gewöhnlicher Pankreaskarzinome. Sind die Hormon produzierenden, so genannten Inselzellen der Bauchspeicheldrüse betroffen, spricht man von neuroendokrinen Pankreastumoren. In der Regel schütten… Epigenetische Analyse verbessert Prognose bei Pankreaskrebs weiterlesen

Hilfe bei Sklerodermie?

Joseph Y. Shin et al.: Epigenetic activation and memory at a TGFB2 enhancer in systemic sclerosis. Science Translational Medicine 11, 19.06.2019, eaaw0790. Die systemische Sklerodermie ist eine mysteriöse, seltene Hautkrankheit, die bei etwa jedem dritten Patienten binnen zehn Jahren tödlich endet. Jetzt fanden Forscher*innen aus den USA ein epigenetisches Rädchen im Getriebe des Leidens. Offenbar… Hilfe bei Sklerodermie? weiterlesen

Epigenetik goes 3-D

Mausembryo im Achtzellstadium. Die inneren grünen Kreise sind die Zellkernwände, an die die DNA bindet um ihre 3-D-Struktur zu verankern. Bildrechte: Helmholtz Zentrum München

Olivier Delaneau et al.: Chromatin three-dimensional interactions mediate genetic effects on gene expression. Science 364, 03.05.2019, eaat8266. Máté Borsos et al.: Genome-lamina interactions are established de novo in the early mouse embryo. Nature 569, 22.05.2019, S. 729-733. Es hat sich allmählich herumgesprochen, wie wichtig auch die dreidimensionale Faltung der einzelnen Chromosomen innerhalb des Zellkerns für… Epigenetik goes 3-D weiterlesen

Auch Pflanzen nutzen Enhancer

Johan Zicola et al.: Targeted DNA methylation represses two enhancers of FLOWERING LOCUS T in Arabidopsis thaliana. Nature Plants 5, 03/2019, S. 300-307. Wer den Newsletter Epigenetik überfliegt, merkt rasch, wie wichtig Enhancer für die Epigenetik geworden sind. Diese Elemente sitzen in der DNA und reagieren, sobald ein Transkriptionsfaktor an sie bindet, indem sie benachbarte… Auch Pflanzen nutzen Enhancer weiterlesen

Mit maschinellem Lernen neue Auslöser von Autismus aufgespürt

Jian Zhou et al.: Whole-genome deep-learning analysis identifies contribution of noncoding mutations to autism risk. Nature Genetics 11, 06/2019, S. 973-980. Früher konzentrierte man sich bei der Suche nach den genetischen Ursachen komplexer Merkmale und Krankheiten auf den Code der Gene. Doch der macht nur 1,5 Prozent des gesamten DNA-Textes aus. Der Rest ist zum… Mit maschinellem Lernen neue Auslöser von Autismus aufgespürt weiterlesen

Epigenetische Regulation hilft bei konvergenter Evolution

Helmkasuar. Bildrechte: Luke Seitz.

Timothy B. Sackton et al.: Convergent regulatory evolution and loss of flight in paleognathous birds. Science 364, 05.04.2019, S. 74-78. Evolutionsbiologen sind immer wieder fasziniert von der Existenz so genannter konvergenter Entwicklungen. Das Auge wurde ebenso mehrfach im Tierreich entwickelt wie das Fliegen oder die zu Grabwerkzeugen umfunktionierten Vorderbeine bei Maulwürfen und Maulwurfsgrillen. Ein spannendes… Epigenetische Regulation hilft bei konvergenter Evolution weiterlesen

Neues epigenetisches Angriffsziel für Krebs

Cristina Morales Torres et al.: The linker histone H1.0 generates epigenetic and functional intratumor heterogeneity. Science 353, 30.09.2016, S. 1514. Fast allen bösartigen Tumoren ist gemein, dass ihre Zellen sehr uneinheitlich sind. Manche der Krebszellen teilen sich häufig und sind aggressiv, andere weniger. Bislang ist aber weitgehend unklar, was diese Heterogenität der Krebszellen verursacht. Jetzt… Neues epigenetisches Angriffsziel für Krebs weiterlesen

Signatur des Darmkrebs

Batool Akhtar-Zaidi et al.: Epigenomic enhancer profiling defines a signature of colon cancer. Science 336, 11.05.2012, S. 736-739. Epigenetiker aus den USA haben sich im Erbgut von Darmkrebsgewebe und gesunden Zellen eine bestimmte Markierung des Histon-Codes angeschaut (H3K4me1). Der Vergleich beider Resultate ergab, dass die Krebszellen eine Vielzahl von charakteristischen Veränderungen der Epigenome – so… Signatur des Darmkrebs weiterlesen